При заключении договора аренды между физическим лицом и юридическим лицом, преимущественное право оплаты налогов за собственника физика предоставляется юр. лицу, который обязуется выступить в качестве налогового агента и перечислить в бюджет по ИНН физлица налог 13% от суммы арендной платы по договору. Это удобно, не нужно сдавать декларацию 3-НДФЛ по итогам года, но рекомендую прослеживать переводы в бюджет от Вашего имени, пусть каждый месяц отправляют платёжный документ подтверждающий перевод.
Что касается этого: "Боюсь, один раз заплатишь налоги и квартира будет числиться в ФНС как потенциально сдающаяся."
Сдаёшь квартиру - получаешь доход - платишь налог - спишь спокойно! Не сдаёшь - нет дохода - нет налога! Решение за Вами, жить проще, когда всё грамотно сделано.

при таком раскладе налоги за вас платит то юрлицо, которому вы сдаете (только проследите, чтобы все было правильно зафиксировано в договоре!). а с учетом того, что сейчас вроде как сделали послабление по части уплаты налога за когда-то сдававшуюся квартиру при ее продаже, то это вообще получается практически идеальный вариант: вы сдаете официально, а налоги за вас платит представитель нанимателя.
следить надо только за тем, чтобы квартира не использовалась как отель для сотрудников. одно дело - вахтовики или длительные командировочные, другое - приезжающие на неделю-две. но это, опять же, исключительно с точки зрения сохранности имущества. а не, допустим, недовольства соседей - у вас будет официальный договор, на основании которого соседи, участковый и прочие посылаются во все шесть направлений.

Здравствуйте. Сдавал и не один раз. Нюансов много, пункты договора в рамках форума не написать. Надеюсь Ваш агент со всем разберется и сделает максимально выгодные условия. Квартира не будет постоянно числится в базе, не думайте так.
С юрлицами даже проще работать, так как они снимают непрерывно по 3-5 лет, что минимизирует простой.
С уважением.

Боюсь, один раз заплатишь налоги и квартира будет числиться в ФНС как потенциально сдающаяся.

Придется заплатить. Поднимите цену с учетом этого и вопрос возможно отпадет.