Добрый день.
Выделение доли в натуре тут невозможно. Возможно только определение порядка пользования.
Через суд понудить к продаже в данном случае невозможно, объем права существенный.
Определить ему комнату в пользование могут, но конкретно скажет суд.
Права на места общего пользования у него точно такие же как и у Вас.
Коммуналка - через деление счета на оплату коммунальных услуг и подтверждение факта Вашего непроживания по адресу.

Здравствуйте. Оптимальным решением Вашего вопроса является совместная продажа квартиры с получением денег пропорциональном имеющимся долям или по договорённости сторон. Все остальные варианты являются весьма затруднительными и дают существенную потерю по времени, трудозатратам и деньгам. Стороны, находящиеся в конфликте, часто не могут достичь договорённостей даже если имеют общую позицию. Обратитесь к кому-то и- Ваших знакомых или членов семьи, кто поддерживает ровные отношения с обеими сторонами, или может найти точки соприкосновения. Если такого нет, то можно обратиться к риэлтору, который сможет провести переговоры а в дальнейшем окажет помощь в продаже квартиры. Есть даже практика обращение сторон к разным риэлторам. Это обойдётся Вам дороже, но тоже может быть вариантом решения ситуации. Отнеситесь к этой ситуации как к работе. Вам может не нравиться руководитель или коллеги, но по завершению работ это компенсируется полученными деньгами.

Организовать совместную продажу можно и нужно без всякого суда, тем более, когда все согласны. Это выгоднее совладельцам в денежном отношении. Чтобы не конфликтовать между собой, обратитесь к риэлтору, он будет "громоотводом"

"В связи с этим возник вопрос, можно ли как-то через суд организовать совместную продажу квартиры" - однозначно нет;
"либо выкупить его долю, но заплатив не целой суммой, а, допустим, делая ежемесячные взносы на его счёт в банке?" - тем более;
"Скорее всего, он просто пытается меня из неё выжить. Какого-то интереса у него к этой квартире нет" - противоречиво звучит, вам не кажется?;
"Могут ли вообще выделить ему комнату в натуре, в двухкомнатной квартире?" - крайне маловероятно. в многоквартирном доме в крупном городе это однозначно исключено. если же у вас дом одно- или двухэтажный, и квартира на первом этаже, при этом есть возможность отдельного входа в нее - тогда можно попытаться что-то выжать из этого...
"Если считать по жилой площади, то целая комната у него, естественно, не набирается. Если считать по общей площади, то по общей как раз будет. Но разве можно считать по общей площади, когда речь идёт о жилой части?" - ну для начала надо понять, возможно ли выделение в натуре, или только определение порядка пользования. если второе, то это на усмотрение суда. варианты могут быть;
"И будет ли он иметь полное право пользоваться общими помещениями (туалет, кухня)?" - разумеется;
"И можно ли будет как-то оформить своё отсутствие (так как жить с ним опасно), чтобы все расходы по коммунальным услугам и счетчикам легли только на него?" - можно будет потом по-пробовать де-факто доказать, что вы там не проживаете. то есть подтвердить регистрацию и фактическое проживание по другому адресу. полностью не платить не получится, но можно будет уменьшить. опять же, на практике это больше вопрос взаимоотношений с управляющей компанией, чем буква закона