Уменьшение налоговой базы на сумму расходов, связанных с приобретением квартиры и полученный налоговый вычет на эти расходы никак между собой не связаны.
В налоговом кодексе нет такого ограничения.
Если так рассуждать, то тогда получение налогового вычета со стоимости квартиры тоже должно было бы перекрывать налогоплательщику возможность при продаже уменьшить налоговую базу на расходы по выплате покупной стоимости квартиры. Однако, это не так.
Писем минфина не приведу - искать надо, но мои клиенты, получившие вычет на %% по ипотеке, подавали декларацию с таким расчетом, как Вы планируете, и всё было нормально, да иначе и быть не могло.

Вот задает человек вопрос и больше не появляется...И возникает встречный вопрос: а был ли человек? ;о))

Юля, а с какого года у Вас в собственности эта квартира?
Если до 2016, то и налога при продаже не будет.

)))
Коллеги......... вопрос о том, не откажут ли в учете %% по ипотеке в расходы на приобретение, ЕСЛИ налогоплательщик с суммы этих процентов получил вычет по НДФЛ.

Налогоплательщик имеет право уменьшить величину дохода, полученного от продажи имущества, на фактически произведённые и документально подтверждённые расходы, непосредственно связанные с приобретением этого имущества.
Расходы на погашение процентов по целевым займам (кредитам), фактически израсходованным на приобретение квартиры, могут быть учтены в расходах, уменьшающих налоговую базу по налогу на доходы физических лиц, в соответствии с "пп. 1 п. 1 ст. 220" Кодекса.
Это была позиция Минфина, писем на эту тему много.

Спасибо, Ирина Владимировна, я неверно истолковала вопрос...
Расходы физ.лица на погашение процентов по ипотечным кредитам могут быть учтены в составе документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества, уменьшающих налоговую базу по НДФЛ. Письмо Минфина от 01.10.2018 г. N 03-04-05/69992.

Уменьшить НДФЛ при продажи квартиры, можно за счет расходов на приобретение этой же квартиры, то есть учесть расходы на приобретение. Подтверждением расходов является договор купли-продажи. При условии, что в договоре купли-продажи сумма указана не менее чем 70% от кадастровой стоимости.
Основание: пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ.