Главные возможные проблемы: 1) в этом месте сейчас уже ничего нельзя строить или реконструировать, 2) не соблюдены отступы от границ участка и нельзя зарегистрировать реконструкцию, 3) превышен процент допустимой застройки, 4) покупка и продажа в кредит не возможны, 5) самовольная реконструкция уже выявлена, и возможен только судебный порядок легализации.
Объясню на пальцах) Проблемы такие - что приобретая такой объект Вы берете на себя всю ответственность за неоформленные метры. И, в принципе, при неоходимости, обязаны будете это надлежаще оформить. А это время и деньги. Так что, можете на этом торговаться) Плюсы - налог будет начисляться только на оформленные метры).