"Приватизировала ее (...) И выяснилось, что там прописан какой то мужчина, проживающий ранее до 2006 и до сих пор там прописан." - это взаимоисключающие вещи. вы не могли приватизировать эту квартиру единолично, не имея отказа со стороны этого мужчины.
возможны два варианта. наиболее вероятный - бардак в базах данных ("И выяснилось, что там прописан какой то мужчина" - выяснилось кем? покупателем? откуда и каким путем он выяснял).
второй вариант, гораздо менее вероятный, но в принципе не исключаемый - бардак в системе. если этот человек действительно был прописан на момент приватизации и не был включен в число собственников, то это крупный косяк. но вы можете попробовать его перевести на муниципалитет (что в россии традиционно из разряда чудес, но иногда имеет смысл пободаться, только при поддержке очень опытного МЕСТНОГО (!! - это важно!) юриста, имеющего опыт работы с местными судами)

Необходимо собрать все сведения о зарегистрированных гражданах, вероятно это архив паспортно-визовой службы поможет, если не по заявлению, то по запросу суда (есть такой специальный способ получения информации). Подтвердившийся факт следует в судебном порядке быть оспорен. Этот вопрос надо ставить не перед риэлтором, а перед юристом, в т.ч. адвокатом, специализирующимся на вопросах ПВС и миграции.

Интересно, как и кем это выяснилось, может ошибка или дезинформация? Пообщайтесь со специалистами вашего региона, имея на руках документы, подтверждающие сей факт.

Здравствуйте. Вам имеет смысл обратиться с документами на консультацию к опытному риэлтору Вашего региона.