Эдуард, я думаю, что можете, налог с 500 000*13% = 65 000 рублей к оплате.
"Вместо получения имущественного налогового вычета налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (подп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ)."
Это по одному объекту, а по второму и с другим кадастровым номером можете применить стандартный имущественный вычет в размере одного миллиона.

Дмитрий правильно говорит. Можно использовать вычет, но в соответствующей пропорции.
Вот письмо: Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 6 мая 2015 г. N 03-04-05/26012 О получении имущественного налогового вычета по НДФЛ при продаже двух земельных участков.
В итоге:
По одному участку стандартный вычет 1 м.р.
По второму расходы в пропорции вновь образованного участка.

Анна, очень даже факт, налоговая принимает эти расходы, опираясь на мнение Минфина!
Что касается пропорций, то я думал об этом и пришёл к следующему выводу, задав себе вопрос: а на основании каких пропорций? Ведь, когда доли, тогда всё понятно и очевидно, прецеденты тоже были, принимали, те же письма Минфина, Дмитрий напомнил и так далее, а здесь имеем три обособленных участка, с разными кадастровыми номерами. Кто будет определять эти пропорции? Вопрос стоит прямо, либо можно, либо нельзя. Учитывая позицию самой налоговой, а также Минфина утверждаем, что Можно! Никто из налоговой не будет делить на доли и вычитывать пропорции, а значит немного настойчивости и всё будет хорошо. Эдуард, лишний раз не стоит акцентировать внимание на этом, но если вдруг, то настойчивость самое подходящее слово.

Встречалось мне письмо Минфина по этому поводу. Сейчас не могу найти. Приводил его и на сайте когда-то. В аналогичной ситуации учёт расходов происходит в пропорции. Все расходы на покупку большого участка продаже его части в дальнейшем учесть не получится.

Почти согласна с Арманом. Только расходы на приобретение в размере 1 млн были на большой участок, который потом делили. Как этот миллион будет учитываться в подтверждение расходов мелких (в частности второго) участков: целиком или в какой-то пропорции?- не понятно...