Здравствуйте! Вы правильно предполагаете. Все действия с долями детей при продажи их собственности нужно делать по постановлению опеки. То есть отчуждать из доли нужно одновременно с выделением собственности в новом объекте . Не раньше.

Вам нужно ещё раз получить консультацию в опеке. Бывают варианты , когда разрешают продажу при условии перечисления средств несовершеннолетнего на счёт, с которого впоследствиии вы снимаете деньги на приобретение альтернативного жилья.

"В наших органах опеки мне посоветовали так сделать, а я засомневалась. Сейчас оформлю приобретенную квартиру, а потом будет замкнутый круг"

Что значит посоветовали? Они не просто должны посоветовать, а выдать на руки решение опеки о продаже вашей квартиры и покупке другой, в котором все четко должно быть написано. Что продаете и что покупаете и какие доли в новой квартире должны быть у детей. Вот когда такой документ будет у вас, то можете не переживать, а делать как задумали.