Здравствуйте.
1. Выделяете доли детям в студии, на которую был использован маткапитал. Доли детям можно выделять минимальные, пропорционально сумме маткап. Можно и по 1/20.
2.Продавать можно сразу, но с разрешения ООиП . Есть вероятность, что опека не даст добро на залог детских долей в новой квартире. Но это нужно обсуждать в ООиП.
3. Для оптимизации налога на детские доли : с этого года можно учесть затраты родителя на приобретение.

Фраза «получено свидетельство в 2016» вообще ни о чём не говорит. Факт получения свидетельства, не указывает на дату образования права собственности. Смотрите в документах, КОГДА было зарегистрировано право собственности. Может быть, у Вас оно наступило до или в декабре 2015-го. Учитывая, что Вы чётко пишите «Свидетельство» означает то, что правоустанавливающий документ Вы получали в начале 2016-го, такое могло легко произойти. Это вполне вероятно, судя по тому, какой бардак творился в Росреестре Питера и ЛО. Если всё так, как я предположил, то у Вас минимальный срок владения наступил, то есть «более трёх лет».
Если право наступило уже в 2016-м, тогда «налоговая амнистия» для Вас ещё не наступила. К расходам на данную квартиру можно применить расходы в виде 2,1 млн + проценты выплаченные по ипотеке. Вряд ли в сумме это даст 4 млн, но попробуйте всё же посчитать.
Распределение долей: закон не определяет точный размер наделения (а зря…), но бОльшая часть из нас склоняется к тому, чтобы посчитать сумму, потраченную на покупку квартиры, разделить на стоимость и соразмерно ей определить доли. В Вашем случае, это детям по 7/100 и Вам 86/100. Себе, Вы тоже обязаны выделить долю из МСК. В таких пропорциях, никто не посмеет усомниться в правильности распределения долей.
Более, к ответу Татьяны, мне добавить нечего.