Можно через авансирование объекта оформить оплату. Принять аванс закрыть долг и на сделку выйти с оплаченными квитанциями. Можно сумму долга прописать в договоре с обязательством погашения в течении определенного времени. Можно по факту от покупателя принять сумму за квартиру за минусом долгов, но в любом случае все манипуляции лучше прописывать документально, если в какой-то момент одна из сторон поменяет планы, чтоб интересы всех сторон были соблюдены и не было лишних рисков.